Conformément aux vœux du philosophe, la fondation s’est assigné trois missions principales regroupées sous l’intitulé : « Projet Michel Serres ».

• soutenir l’édition des Œuvres complètes de Michel Serres, reprenant les ouvrages et articles parus, ainsi que les inédits, nombreux, dont lui-même a souhaité la publication posthume ;
• soutenir les travaux de recherche académiques sur son œuvre et les publications qui se situent dans l’inspiration de sa pensée ;
• la faire connaître par l’organisation de colloques, de séminaires et de rencontres, en sorte de l’ouvrir sur la philosophie française et sur le monde contemporain, qu’elle a contribué à penser et à définir.